JR北海道は24日、台風20号の接近により荒天が見込まれるため、24日の函館―札幌間の特急スーパー北斗12号から24号までを全区間運休すると発表した。新函館北斗―長万部間の普通列車は午後3時ごろから終日運転を見合わせる。
25日は午前9時ごろまで函館ー長万部間で運転を見合わせ、函館―札幌間の特急スーパー北斗1号から9号までと、北斗84号、103号を全区間運休するほか、普通列車10本が運休となる。はこだてライナーは午前6時台の3本を運休するとしていたが、天候回復に伴い、始発から運転する。
道南いさりび鉄道は24日午後3時以降と、25日午前8時台までの上下合わせて24本を運休する。